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分子生物學(xué)試劑在基因測序技術(shù)中的核心作用

更新時間:2025-07-18點擊次數(shù):257
  分子生物學(xué)試劑在基因測序技術(shù)中扮演著至關(guān)重要的角色,其核心作用貫穿了從樣本處理、文庫構(gòu)建到測序反應(yīng)的全過程。
  以下是分子生物學(xué)試劑關(guān)鍵功能與應(yīng)用的詳細(xì)解析:
  1.樣本處理與核酸提取
  (1)裂解與純化
  裂解試劑:
  化學(xué)裂解液(如胍鹽、表面活性劑):破壞細(xì)胞膜和核膜,釋放核酸。
  酶解法(如蛋白酶K、溶菌酶):降解與核酸結(jié)合的蛋白質(zhì)(如組蛋白)。
  物理輔助(如珠磨法、超聲破碎):通過機(jī)械力加速細(xì)胞裂解。
  純化試劑:
  硅膜吸附柱:利用硅膠膜特異性吸附DNA/RNA,去除雜質(zhì)(如蛋白質(zhì)、多糖、抑制劑)。
  磁珠法:磁性納米顆粒結(jié)合核酸,通過磁性分離快速純化。
  緩沖液系統(tǒng)(如高鹽低pH):優(yōu)化核酸與雜質(zhì)的結(jié)合差異,提升純度。
  (2)核心作用
  確保核酸的完整性(避免斷裂)和高純度(去除PCR抑制劑),為后續(xù)步驟提供高質(zhì)量模板。
  2.文庫構(gòu)建(LibraryPreparation)
  (1)核酸片段化
  酶法片段化:
  DNaseI:隨機(jī)切割DNA鏈,產(chǎn)生平末端或粘性末端。
  轉(zhuǎn)座酶(Tagmentation):同時完成片段化和接頭添加(如Nextera技術(shù))。
  超聲片段化:
  超聲波將DNA打斷為特定長度片段(如100~500bp),需配合穩(wěn)定劑(如Covaris試劑盒)。
  (2)接頭連接與修飾
  接頭(Adapter):
  包含測序引物結(jié)合位點、索引序列(Index)和標(biāo)簽序列,用于區(qū)分不同樣本。
  T4DNA連接酶:催化DNA片段與接頭的共價連接。
  末端修復(fù):
  Taq聚合酶:填補(bǔ)5'端突出末端,生成鈍末端。
  Klenow酶:修復(fù)3'端凹槽并加dA尾(與TruSeq接頭匹配)。
  磷酸化與連接效率增強(qiáng)劑:
  ATP和T4PNK酶:對接頭進(jìn)行5'磷酸化,提高連接穩(wěn)定性。
  (3)核心作用
  確保文庫的均一性(片段長度一致)和特異性(接頭正確連接),避免測序偏差。
  3.分子生物學(xué)試劑測序反應(yīng)中的試劑
  (1)PCR擴(kuò)增與富集
  PCR試劑:
  HotStartTaq酶:減少非特異性擴(kuò)增,提高文庫富集效率。
  dNTPs:提供DNA合成原料,需平衡濃度以避免錯誤摻入。
  Mg??/DMSO:優(yōu)化PCR反應(yīng)體系的離子強(qiáng)度和變性溫度。
  目的:通過有限循環(huán)PCR(如10~15次)放大文庫,避免過度擴(kuò)增導(dǎo)致偏好性。
  (2)測序模板制備
  單分子模板制備:
  乳液PCR(emulsionPCR):用于454焦磷酸測序,通過微珠包裹單個DNA片段進(jìn)行擴(kuò)增。
  橋式PCR(BridgePCR):在FlowCell表面生成DNA簇(如Illumina技術(shù))。
  核心試劑:
  Phi29聚合酶:用于多重置換擴(kuò)增(MDA),生成滾動環(huán)狀DNA(RDA)。
  (3)測序反應(yīng)體系
  熒光標(biāo)記與終止劑:
  ddNTPs(雙脫氧核苷酸):用于Sanger測序,終止鏈延伸并標(biāo)記熒光。
  可逆終止劑:Illumina邊合成邊測序(SBS)中使用,暫時阻斷鏈延伸后化學(xué)去除。
  聚合酶與底物:
  DNA聚合酶:催化核苷酸摻入(如Illumina的高性能酶減少錯誤率)。
  引物與模板結(jié)合緩沖液:維持測序反應(yīng)的高特異性。
 

 

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